Quand les Français pénètrent dans la base après la reddition de la poche de Lorient, ils trouvent des installations en état de marche et deux sous-marins du type IX, les U123 et 129, le premier apparemment intact, le second fortement endommagé.
Dès le 19 mai, le Département décida que chacune des bases de sous-marins de Lorient, Saint-Nazaire et La Pallice constituerait un Centre de sous-marins (CSM) sous le commandement d’un officier qui relèverait du commandant local de la Marine ; cette décision avait pour but de conserver les bases en état d’usage en vue de leur utilisation postérieure.
Le 20 juin, il prescrit à Lorient d’ouvrir à partir du 1er août deux chantiers de réparation de sous-marins : la DCAN s’inquiétera de cette obligation, faute d’un Ingénieur du Génie Maritime spécialisé dans cette sorte de bâtiment et du personnel technique adéquat.
Néanmoins, le 31 juillet, arrive à la base, pour grand carénage, le sous-marin Curie, unité britannique qui avait été prêtée aux FNFL, et, le 15 août, l’Atalante, mais ce dernier repartit, le 20 septembre : il datait de 1932 et on avait renoncé à y toucher, vu son âge.
Le 14 octobre, des membres de l’État-Major Général viennent examiner le fonctionnement du Centre de sous-marins de Lorient. Le Capitaine de Frégate Lecreux, commandant de la base de Saint-Nazaire s’était joint à eux.
Le 24 octobre, une dépêche 15 EMG3/0rg, crée la base militaire de Lorient. Celle-ci fut définitivement constituée à la date du 5 décembre 1945 par l’Ordre 90 EMI/Org du commandant de la Marine : cet ordre nommait comme commandant provisoire le Lieutenant de Vaisseau Briand, commandant en second, qui assumait déjà ces fonctions depuis un certain temps, et déterminait l’étendue du ressort de cet organisme qui devait administrer, à compter du 1er janvier 1946 le centre de sous-marins, le centre de dragage, les dragueurs ex-allemands, et éventuellement tous les bâtiments non autonomes et rattachés à la direction du port. L’organisation de la base devait être entreprise à Kéroman I et être terminée pour le 1er janvier.
Le 27 décembre 1945, la dépêche ministérielle 1467 EMGI charge le port de Lorient d’établir les feuilles d’armement des sous-marins ex-allemands.
Le 17 janvier 1946, le Capitaine de Frégate Lecreux prend le commandement de la base.
Le 21 janvier, le Curie, ayant terminé ses essais, part pour La Pallice.
La circulaire ministérielle 424 EMGI du 16 avril 1946 décide que le port de Lorient serait le port d’armement des 4 sous-marins ex-allemands armés pour essais le 1er décembre 1945, à savoir les U471, 766, 510 et 123, et les deux autres armés pour essais le 26 février 1946, les U2518 et 2326.
Le 6 juillet 1946, le nom d’Ingénieur Général Stosskopf est attribué à la base de Kéroman.
Le 1er août, une circulaire ministérielle fixe les attributions du CSM qui devient, par suite de suppression de celui de La Pallice, base normale d’essais pour les sous-marins ex-allemands, sauf toutefois pour les essais de plongée à grande vitesse, les exercices d’écoute et de recherche à grande vitesse qui devaient se faire à Toulon.
Le 17 octobre, arrive en remorque, venant de Brest, le voilier ex-allemand "Gross Herzogin Elisabeth" pour servir de caserne aux équipages des sous-marins ; il devint rapidement "La Duchesse Anne".
Le 3 décembre 1946, le sous-marin français Iris arrive pour subir un grand carénage.
Le 16 janvier 1947, le sous-marin U123, dont la refonte a été entreprise le 13 novembre 1945, ayant achevé ses essais, part pour Casablanca.
La circulaire 83 EMG3, reçue à Lorient le 27 janvier 1947, réorganise les forces sous-marines françaises ; en ce qui concerne le Ponant, elle constitue une flottille des sous-marins de l’Atlantique, avec une escadrille à Brest et une deuxième à Lorient : cette dernière doit comprendre tous les sous-marins ex-allemands énumérés en avril 1946, sauf l’U2326 qui vient de disparaître en Méditerranée. La date de clôture d’armement de ces bâtiments, qui est celle aussi de leur entrée au service actif sera prononcée par la Commission locale des essais (CLE) de Lorient.
Le 17 décembre 1948, est institué à Toulon un centre d’études pratiques anti sous-marines qui comprend des sous-marins, des bâtiments de surface et des avions ainsi que le centre d’études pratiques sous-marines qui jusque-là fonctionnait à Brest ; en conséquence la flottille de sous-marins de l’Atlantique fut dissoute, le CSM de Brest supprimé et les ports de Brest et de Lorient chargés seulement de réparer, faire les essais et procéder à l’entraînement individuel des sous-marins avant de les renvoyer à Toulon : ces sous-marins devaient appartenir à la deuxième escadrille de Lorient et devaient être administrés par le CSM du même port, le seul qui subsistât dans le Ponant. Par contre, il s’agissait maintenant des sous-marins français aussi bien que des ex-allemands.
Le 19 septembre 1949, La Duchesse Anne est remorquée dans le Scorff pour servir de caserne à l’équipage du Savorgnan de Brazza.
Le 10 août 1950, arrivée du Pollux, ancien brise-glace de la flotte de Wrangel qui vient prendre la place de La Duchesse Anne ; il fut renommé Télémaque [1].
Au cours de l’année 1953, le CSM prend le nom de base des sous-marins de Lorient [2].
n 1957, s’amorce un revirement : de juillet à décembre, un sous-marin, le Roland Morillot, reste en activité à Lorient au lieu de retourner à Toulon, et le 1er janvier 1958, la deuxième escadrille redevient opérationnelle, avec d’abord un seul sous-marin actif, La Créole, jusqu’en juin, puis avec deux Narval ; et, au fur et à mesure des années, cette escadrille s’étoffe de plus en plus : à la fin de 1964, elle compte neuf unités, dont deux seulement en carénage. Les arrivées de sous-marin type Daphné sont étalées entre 1964 (sous-marin Daphné) et septembre 1970 (sous-marin Sirène).
En 1970 la deuxième escadrille devient l’Escadrille des Sous-Marins de l’Atlantique ; au 1er mars 1972, l’Amiral commandant les sous-marins prend le nom d’Amiral commandant les forces sous-marines et la force océanique stratégique (ALFOST), les sous-marins d’attaque étant placés sous le commandement d’un amiral (ALSOUMATI) adjoint direct d’ALFOST.
Entre 1984 et 1987, l’affectation des quatre sous-marins de type Agosta à l’Escadrille des sous-marins de l’Atlantique correspond à celle des SNA sur le théâtre méditerranéen et au désarmement des deux derniers Narval en octobre 1985 et octobre 1986.
Les quatre Agosta partent pour Brest en juillet 1995, Psyché et Sirène sont les deux derniers sous-marins sur le site jusqu’à sa fermeture.
[1] Le Télémaque fut remorqué à Nantes pour y loger les équipages des sous-marins en construction. Il fut remplacé par un dock flottant. Ce mouvement a eu lieu le 14 septembre 1959.
[2] À partir du 17 novembre.